Se l'applicativo è esposto in internet, direi asp.net visto che le wpf browser application non sono supportate da tutti i browser/sistemi operativi.
Asp.net alla fine genera pagine html, css e javascript; quindi con la giusta attenzione agli standard web puoi soddisfare praticamente tutti gli utenti.
Se l'applicativo è ad uso intranet puoi avere il controllo su che sistema/browser dovrà usare l'utente che usufruirà del servizio, quindi puoi riconsiderare l'uso delle wpf browser application.
In quel caso diciamo che dipende anche dalle tue conoscenze, se ugualmente hai più esperienza in asp.net o in generale nello sviluppo tradizionale web è inutile andare a studiarsi una nuova tecnologia. A meno che non ci sia una particolare funzionalità che ti è più conveniente implementare con wpf.
Ad ogni modo le wpf browser applicazion sono scarsamente usate a vantaggio piuttosto di Slverlight; hai delle limitazioni in termini di security alla fine, ma maggior supporto.
Ti consiglio anche di considerare l'uso di Asp.net MVC che ti rende più semplice tenere sotto controllo la pagina web generata dal punto di vista semantico e degli standard.
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